طباطبایی با تکیه بر استعداد ذاتی، حافظه شگفت‌‌‌‌انگیز و سختکوشی بی‌مانندش به‌تنهایی باری را در عرصه پژوهش بر دوش کشید که در شرایط عادی نیازمند کمک ده‌‌‌‌ها دستیار کارآزموده است. دستاورد پژوهشی بی‌‌‌‌نظیر وی البته به ایران بزرگ فرهنگی، اندیشه سیاسی ایرانی (ایرانشهری) و مفهوم جدید در قدیم امر ملی در ایران مربوط می‌شود. اما در کنار این کار سترگ، باید از اثر بی‌‌‌‌نظیر وی درباره تاریخ اندیشه سیاسی جدید در اروپا نام برد؛ بی‌نظیر از این جهت که برخلاف کتاب‌‌‌‌های مشابه در زبان فارسی، اثری تحلیلی-اجتهادی است و نه صرفا توصیفی-تقلیدی.

پرداختن طباطبایی به موضوع تجدد در اروپا در حقیقت مکمل کار او درباره ایران بود؛ چراکه عقیده داشت ایران با نهضت مشروطه عملا وارد دنیای جدید شد؛ اما به‌رغم تلاش‌‌‌‌های اهل اندیشه در کشور ما هنوز منابع دست‌اول کافی درباره اندیشه تجدد در دسترس پژوهشگران نیست. این موضوع از این جهت اهمیت دارد که با ورود و سیطره ایدئولوژی‌‌‌‌ها، عرصه بر اندیشه‌‌‌‌های اصیل تنگ شد و «روشنفکران» دهه‌‌‌‌های ۱۳۴۰ و ۱۳۵۰ خورشیدی سپهر اندیشه را با دانش‌‌‌‌های کاذب و دست‌چندم وارداتی به تصرف خود درآوردند. در نتیجه این تصرف بود که غرب‌‌‌‌ستیزی مُد روز شد و نهضت مشروطه که منادی تجدد اصیل ایرانی و حکومت قانون بود، به‌عنوان نماد غرب‌‌‌‌زدگی و توطئه استعماری لجن‌‌‌‌مال شد. فیلسوف تبریزی با توضیح چگونگی تجدد غربی و با تکیه بر منابع دست‌اول نشان می‌دهد چگونه ایدئولوژی‌‌‌‌ها با سطحی‌‌‌‌نگری و وارونه جلوه‌دادن واقعیت‌‌‌‌ها خاک در چشم مردم می‌‌‌‌پاشند و جامعه را به سردرگمی و انحراف می‌‌‌‌کشانند. در نتیجه همین انحراف بود که جنگی کاذب میان ملیت و اسلامیت به راه انداختند و نهضت مشروطه را که شاهکاری بی‌‌‌‌بدیل در آشتی دادن تجدد ایرانی با شرع اسلام بود، به‌عنوان توطئه غربی برای نفی اسلام جلوه دادند و به کلی منکر امر ملی به عنوان پدیده اصیل ایرانی شدند.

هدف اصلی برنامه پژوهشی طباطبایی، شناخت ایران در تمام ابعاد سیاسی و فرهنگی بود و در تلاش خود برای رسیدن به این هدف به نظریه بدیعی دست یافت که مطابق آن امر ملی یا ملت در ایران قدمتی بسیار دیرینه‌تر از ظهور ملت-دولت‌‌‌‌ها در دنیای جدید غربی دارد. طبق این نظریه درست است که در ایران قدیمِ پیش و پس از اسلام، مفهوم «ملت» تحت همین عنوان مطرح نبود و مورد استفاده اهل قلم قرار نمی‌‌‌‌گرفت؛ اما به جای آن مفهوم «ایران» به کار می‌‌‌‌رفت. فیلسوف تبریزی در این خصوص از «جدید در قدیم» سخن می‌‌‌‌گوید و اینکه ریشه برخی جدیدها را باید در قدیم جست‌وجو کرد. به عقیده وی جنبش مشروطه‌خواهی با تاسیس حکومت قانون، ایران را به دوران جدید وارد کرد و با این کار همه شئون کهن ایران نوآیین شد.

اما نکته بسیار مهمی که نباید از نظر دور داشت این است که نو شدن در ایران به معنای خلق از عدم ‌نبود؛ چراکه «همه مواد نو شدن در تاریخ فرهنگی ایران وجود داشت و مشروطیت صورتی نوآیین به آن داد.‌‌‌‌» اما باید دقت کرد که شرایط امکان وجود جدید در قدیم مستلزم تداوم تاریخی فرهنگ ملی است؛ وگرنه سخن گفتن از چنین مفهومی بی‌معنا خواهد بود. طباطبایی بر این رای است که تداوم فرهنگی ایران پس از دوره اسلامی مبتنی بر نص‌‌‌‌های سه‌گانه بوده است: کتاب مقدس اسلام، منابع اندیشیدن ایرانشهری و فلسفه یونانی که هرسه خاستگاه متفاوتی داشته‌اند که در پیوند باهم در مقام نظام سنت قدمایی بیش از‌ هزار سال تداوم داشته و بسط پیدا کرده است. در برابر این نظام سنت قدمایی وجه چهارمی از سنت در آستانه نهضت مشروطیت در دوره ناصری توسط برخی از اهل نظر، «منورالفکران»، شکل می‌گیرد که زمینه‌ساز پیروزی نهضت است. اما این سنت فاقد نص نظام اندیشیدن جدید است و این در واقع مشکل بزرگی برای تاریخ‌نویسی اندیشه ایرانی به وجود می‌‌‌‌آورد.

به تاخیر افتادن تاسیس نص جدید در ایران با معضل سیطره ایدئولوژی‌‌‌‌ها روبه‌رو می‌شود که عرصه را بر نص جدید تنگ می‌کنند و تجدد ایرانی را به انحراف می‌‌‌‌کشانند. اگرچه منورالفکران دوره ناصری نتوانستند نص جدیدی تاسیس کنند؛ اما همین قدر فهمیده بودند که نمایندگان امر ملی کهنی هستند که سده‌‌‌‌های طولانی قدمت دارد و اکنون به آنان رسیده است. اما ایراد بزرگ آنان این بود که توانستند آن امر ملی را در صورت ناسیونالیسم زمان خود توضیح دهند. ناسیونالیسم اروپایی، چه از نوع لیبرال و چه از نوع رمانتیک، پدیده‌‌‌‌ای ناشی از تفکیک امت و ملت بود؛ یعنی ملت در معنایی مستقل از امت و متمایز از آن یا حتی مقابل آن تعریف می‌‌‌‌شد، حال آنکه در ایران امر ملی از ابتدا جدا و مستقل از مفهوم امت پدید آمده بود

بنابراین ناسیونالیسم به طور منطقی موضوعیتی در آن نداشت. اگر ناسیونالیسم را در تعریف اولیه‌‌‌‌اش ایدئولوژی جدایی ملت از امت بدانیم، این ایدئولوژی جایی در مفهوم ایران ندارد؛ چون ایران همیشه وحدت تکثرهای قومی و دینی بوده است. تاکید بر این نکته از این جهت اهمیت دارد که دو مانع بزرگ ریشه‌دواندن و بالیدن تجدد در ایران، از آغاز نهضت مشروطیت تاکنون، دو ایدئولوژی وارداتی یعنی ناسیونالیسم و سوسیالیسم بوده است. طباطبایی بر این رای است که مشروطه‌خواهان یک سده پیش فهم معقول‌‌‌‌تری از تجدد و امر ملی داشتند تا روشنفکران یک‌سده بعد. مشروطه‌خواهان «قدیم را جدید فهمیدند» و براساس عقل عقلایی خود در مجلس اول توانستند مشروطیت را به معنای حاکمیت قانون به کرسی بنشانند؛ اما روشنفکران بعدی به‌ویژه در دهه‌‌‌‌های ۴۰ و ۵۰ خورشیدی «جدید را قدیم فهمیدند.» واضح است که این خوانش وارونه نتیجه‌‌‌‌ای جز بازگشت به گذشته و ارتجاع سیاسی ندارد.

تلاش بی‌امان فیلسوف تبریزی در جهت فراهم آوردن نظریه‌‌‌‌ای است درباره منطق تحول تاریخی ایران و جایگاه تاریخی آن. با تکیه بر چنین نظریه‌‌‌‌ای است که می‌‌‌‌توان به آشوب فکری برپاشده از سوی ایدئولوژی‌‌‌‌ها پایان داد؛ آشوبی که در شش‌دهه گذشته ایران را در معرض مخاطرات سترگی قرار داده است. اما مساله اینجاست که فراهم آوردن چنین نظریه‌‌‌‌ای با تکیه صرف بر نظام مفاهیم علوم اجتماعی رایج که تماما برخاسته از اندیشه مدرن غربی است امکان‌‌‌‌پذیر نیست. مسیر تاریخی ایران متفاوت از مسیر تاریخی اروپای غربی است که مفاهیم علوم اجتماعی جدید براساس آن ساخته شده است.

بنابراین، فهم مشکل ایران، حداقل در برخی جنبه‌‌‌‌های بسیار مهم نیازمند فراهم آوردن ابزار تحلیلی متفاوتی از دستگاه مفاهیم علوم اجتماعی رایج است. فریادهای نظریه‌‌‌‌پرداز ایرانشهری در این خصوص که دانشگاه در ایران باید ملی باشد و موضوع ایران و امر ملی را مدنظر قرار دهد، ناظر بر این ملاحظات است. ابداعات نظری طباطبایی، به‌ویژه در خصوص چگونگی امر ملی و ملت در ایران و تفاوت بنیادی آن با آنچه در غرب اتفاق افتاده است، او را متفکری در رده جهانی قرار می‌دهد.